Перша літописна згадка про Бакоту зафіксована у 1240 році, а у 1981 році це село затопили під час будівництва Дністровської ГЕС.
На дні глибокого Дністра поховані 30 маленьких сіл, від яких не лишилося ані сліду.
Сьогодні кам’янистий берег Дністра називають «українською Атлантидою», а саму затоку — «Бакотським морем» та частково є територією національного природного парку «Подільські товтри».
На бакотських берегах розташовані найстаріші печерні монастирі Поділля. Вони заглиблені в товщу гір на 7-9 метрів.